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在液相制備柱的出口處放置一個收集瓶或容器，以便接收從柱中流出的液體。這個方法適用于大多數實驗室應用，特別是對于小規模的試驗。

液相制備柱有多種操作方法，包括常規重力流動、壓力驅動流動和逆相色譜法等。不同的方法適用于不同的分離工作，并且具有各自的優點和局限性。因此，探索并熟練掌握不同的操作方法可以提高柱子的使用效率和分離精度。

快速液相色譜柱使用完成之后須使用相宜溶劑進行清潔處理，例如ODS柱宜用甲醇沖洗至基線平衡；當采用鹽緩沖溶液作流動相時，使用完后應用無鹽流動相沖洗

影響快速液相色譜柱壽命的因素很多，除流動相和樣品因素外，還有其它一些外在因素，如柱壓的影響，溫度的影響，色譜柱的正確沖洗，色譜柱的正確安裝等。

核殼色譜柱的填料，一般是由內部的實心球(其材質以及形成方式與廠家有關、不同廠家，其技術存在不同)以及包裹在實心球上的多孔型硅膠或雜化顆粒型硅膠組成。